遥远的未来——人类分裂成了以有人兵器Strain为主战力（联合）和以无人兵器Tomorrow为主战力（帝国）的两大阵营，从而开始了永无止息的战斗。现年16岁的セーラ·ウィーレック是联合阵营的名门独生女，就读于クラニアル星域的寄宿制リーズナー养成机关クラベラ空间机甲兵科学院，并且一心想成为リーズナー（Strain驾驶员）。成绩优秀的她的心中有个秘密，就是期望与最爱的哥哥再相会……セーラ的哥哥ラルフ·...

高町奈叶（田村由香里配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。    ...